در سال ۱۹۷۸ پسر بچه ای به ۸ سال آینده سفر میکند و با کشتی بیگانگان شروع به ماجراجویی می کند...

 پدر و نامادري دختر نوجواني به نام «سارا» (کانلي)، او را در خانه گذاشته اند تا از برادر نوزادش «توبي» (فراود) مراقبت کند. گروهي جن با استفاده از اين فرصت، «توبي» را مي ربايند، و سر دسته شان، «جارت» (بويي)، به «سارا» مي گويد که فقط سيزده ساعت فرصت دارد تا از هزار تويي که به شهر اجنه مي رسد، بگذرد اگر موفق نشود، برادرش هم جن خواهد شد.

نيويورک. «شردر» (سايتو)، استاد ياغي نينجا، بچه هاي ناراضي شهر را جمع کرده و با تشکيل گروهي به نام «فوت» مردم را غارت و تهديد مي کند. تا اين که موجودات مرموزي زن خبرنگاري به نام «اونيل» (هوگ) را که از مخالفان فعال اين جنايت هاست، از دست اوباش نجات مي دهند. اين موجودات، لاک پشت هاي نينجاي دگرگون شده ي نوجوان هستند...

 هاليوود، سال 1947. «راجر ربيت» (فلايشر)، ستاره ي فيلم هاي نقاشي متحرک نسبت به وفاداري همسرش، «جسيکا» (ترنر و اروينگ) ترديد دارد. رئيس کمپاني تهيه کننده ي فيلم هاي او، به يک کارآگاه خصوصي به نام «ادي» (هاسکينز) مأموريت مي دهد شواهدي عليه «جسيکا» جمع آوري کند تا «راجر» را به جدايي از همسرش قانع کند...

روسيه، سال 1885. خانواده ي موش «ماوسکوويتس» که مورد تهديد گربه هاي قزاق هستند به هامبورگ مي روند و از آن جا سوار يک کشتي به مقصد «دنياي نو» مي شوند. اما در آمريکا نيز آن ها با مشکلات بسياري روبه رو هستند...

لاکپشت ها و شریدر بار دیگر به مبارزه یکدیگر میروند اما اینبار شریدر فرصتی میابد تا ارتشی از لاکپشت ها را بسازد...

باستیان بالتازار بوکس با مردی ملاقات می‌کند که صاحب یک کتاب فروشی قدیمی است. او کتابی را از این کتاب فروشی می‌دزدد، شروع به مطالعه‌اش کرده و به آرامی به بخشی از آن تبدیل می‌شود…