لاین ایواکورا، یک دختر چهارده ساله بی دست و پا و درونگرا، یکی از دخترانی است که از مدرسه خود ایمیلی ناراحت کننده از همکلاسی اش چیسا یومودا دریافت کرده است - همان چیسا که اخیراً خودکشی کرد. لاین نه میل و نه تجربه ای برای مدیریت حتی فناوری پایه دارد. با این حال، وقتی فن هراس ایمیل را باز می کند، او را مستقیماً به Wired هدایت می کند، دنیای مجازی از شبکه های ارتباطی شبیه به آنچه ما به عنوان اینترنت می شناسیم. زندگی لاین زیر و رو می شود زیرا او شروع به مواجهه با اسرار مرموز یکی پس از دیگری می کند. مردان عجیب و غریب به نام مردان سیاه پوش هر کجا که او می رود ظاهر می شوند و از او سوال می پرسند و به نوعی بیشتر از آنچه که حتی خودش می داند درباره او می دانند. با محو شدن سریع مرزهای بین واقعیت و فضای مجازی، لاین در رویدادهای سورئال و عجیب‌تر غوطه‌ور می‌شود که در آن هویت، آگاهی و ادراک مفاهیمی هستند که معانی جدیدی به خود می‌گیرند.

داستان در آیندهای تاریک بعد از نابودی قسمت عمده نسل بشر به واسطه یک فاجعه اتمی آغاز میشود. انسانها به دلیل تغییرات بیولوژیکی حاصل از بمبهای اتمی در شهرهایی زندگی میکنند که توسط حبابهایی برای محافظت احاطه شده است، در این جامعه منظم، انسانها در کنار یکدیگر زندگی میکنند و البته روباتهایی با نام AutoReivs به انسانها جهت رفاه بیشتر کمک میکنند. اما اوضاع همیشه آرام نیست و یکسری از روباتهایی که توسط ویروسی با نام Cogito آلوده شدند شروع به قتلهایی در این محیط آرام و حساس میکنند. در اینجاست خانم کاراگاهی با نام Re-l Mayer به همراه روبات دستیارش با نام ایگی شروع به تحقیقات در مورد پیدا کردن منشا این قتلها میکنند، داستان با اضافه شدن وینسنت مهاجری از شهر مسکو که او هم الان زیر حبابی قرار داره و بار گذشته ای محنت بار را به دوش میکشد پیچیده تر میشود، از طرف دیگه بزرگان شهر بر روی طراحی یک شبه انسان با نام Proxy کار میکنند که به نظر آنها راه نجات نسل بشر از مشکلات پیش رو است...

In a futuristic dystopian world where memories are literally stored, bought and sold and rich have all the privileges, a young amnesiac is trying to find out who he is.

شهروندان توکیو توسط پسری با چوب بیسبال طلایی هدف تیراندازی قرار می گیرند. در حالی که کارآگاهان سعی می کنند قربانیان را به هم مرتبط کنند، متوجه می شوند که به دنبال این حملات، زندگی قربانیان به نوعی بهبود یافته است.

ساتائو تاشیرو یک مرد جوان 22 ساله است که نه کار می کند، نه دانش آموز است ونه کار آموز و یه هیکیکوموریه ( به معنی کناره گیری شدید از اجتماع) است. او معتقد است که همه چیز در اطرافش توطئه چینی است و این دلیل این است که بسیاری از مردم او را هیکیکوموری می نامند. در این هنگام ساتائو یک نقشه بزرگ می کشد که شامل هیکیکوموریه کایوکای ژاپنی است(NHK) , یک سازمان سری با قصد ایجاد کردن دنیایی بدون هیکیکوموری . ساتائو تصمیم می گیرد خود را از چنگال NHK رها کند اما نمی تواند چون او می فهمد که بیرون رفتن از خانه برایش ترسناک شده. این وضع ادامه دارد تا وقتی که او میساکی ناکاهارا را ملاقات می کند او ساتائو را برای اجرای نقشه اش انتخاب کرده و ادعا می کند که می تواند او را از شر هیکیکوموری خلاص کند.

دانشجویی از دانشگاه کیوتو با یک نیمه‌خدا ملاقات می‌کند و از او می‌خواهد که به او اجازه دهد تا سه سال گذشته را دوباره زندگی کند تا بتواند قلب دختر مورد علاقه خود را به دست آورد.

اف ال سی ال در اطراف نااتا دور می زند (می چرخد). زندگی او با ورود هاروکو هاروهارا، کسیکه با رد شدن از روی نااتا توسط اسکوتر وسپایش ناگهان به صحنه می آید، مختل می شود. سپس به وی سی پی آر داده و به سرش شراب آبی ریکنبکر 4001 گیتار باس الکتریکی چپ دست که وارونه آویزان شده ضربه وارد می کنند. نااتا با دیدن هاروکو در حالیکه به عنوان خدمتکار در خانه اش کار می کرد متعجب شد. از آن پس روباتهای بزرگ از مدیکال مکانیکا از سرش (مرکزش) بیرون آمدند و باعث ایجاد مشکلات بیشتری برای نااتا و هاروکو شدند. هاروکو از نااتا برای تحقیق در مورد پادشاه دزد دریایی، اتمسک، استفاده می کند که وی را در مقابل مدیکال مکانیکا، هیئت صنعتی یکپارچه قرار می دهد. در همین زمان فرمانده آماراو، نااتا را مشاهده می کند. فرمانده به عشق هاروکو به اتومسک پی برده و مدیکال مکانیکا برای تسخیر کهکشان خارج می شود. مجموع این شرایط باعث درگیری نااتا در جنگ سه جانبه بین هاروکو، آماراو و مدیکال مکانیکا می شود.